Kemalangan ini menimbulkan persoalan bagaimana juruterbang harus bertindak apabila menerima arahan berkonflik daripada TCAS dan dari pengawal trafik udara (ATC). Sistem TCAS telah diprogramkan untuk memastikan semua krew mengikuti arahan sistem berkenaan. Buku manual operasi telah menyatakan dengan jelas bahawa TCAS sentiasa mendahului sebarang arahan ATC: Jika arahan untuk penyelesaian masalah diterima serentak dari RA (nasihat resolusi, ditimbulkan oleh TCAS) dan dari ATC, nasihat yang diberi oleh RA mesti diikuti.[BFU 1]

Ianya tidak diperlukan untuk melaporkan kepada ATC untuk bertindak balas kepada RA. Penyelesaian ini tidak memerlukan sebarang arahan ATC sejak TCAS mengambil kira kedudukan kapal terbang lain yang mempunyai transponders di kawasan sekeliling.[petikan diperlukan]

Walau bagaimanapun, juruterbang Bashkirian menggunakan Manual Operasi Penerbangan Tu-154, yang mengandungi petikan yang menyeluruh mengenai ATC dan mengatakan sistem TCAS sebagai alat tambahan[BFU 5]:

Di halaman lain pada buku manual penerbangan yang sama, juga mengandungi juruterbang dilarang mengikuti arahan TCAS untuk sebarang kemungkinan. Oleh itu, penyiasatan rasmi menjumpai bahawa juruterbang tidak menyedari TCAS RA sentiasa didahului.[BFU 6]

Sebelum kemalangan ini pertukaran proposal (CP 112) untuk sistem TCAS II telah ditimbulkan. Proposal ini akan mencipta amaran yang bertentangan dengan amaran asal - menyatakan kapal terbang DHL untuk mendaki dan krew Tupelow untuk turun. Mengikut analisis yang dibuat oleh Eurocontrol ini boleh mengelakkan pelanggaran sekiranya krew DHL mengikuti arahan baru dan Tupelov dibenarkan terus turun.[BFU 7]

Sebagai tambahan, muat turun automatik untuk sistem TCAS - yang boleh memberi arahan kepada pengawal di tanah - belum digunakan di peringkat antarabangsa pada masa kemalangan itu berlaku. [BFU 8]

Laporan penyiasatan mengandungi beberapa cadangan untuk TCAS, memanggil untuk menaiktaraf dan untuk latihan yang lebih baik serta arahan yang lebih jelas untuk juruterbang.[BFU 1]